Di antara tahun 2005 – 2009 pula, InKA meneruskan peranannya sebagai pencetus pelbagai pakatan dan agenda strategik untuk UiTM. Inisiatif ini berdasarkan amalan terbaik dan penanda aras sebagai penentu pada ketika ini. Penekanan diberikan kepada program yang bakal mengubah corak pemikiran pekerja termasuklah dalam membantu UiTM dalam usaha mencapai kecemerlangan. Dengan harapan, InKA mendapat sokongan yang tinggi dari pengurusan tertinggi UiTM serta komitmen dan sumbangan dari pasukan kakitangan pentadbirannya.

Dalam tempoh ini, InKA memanfaatkan kemampuan dalaman sumber pakar dalam UiTM untuk memperluas sijil ISO 9001 ke semua kampus negeri. Latihan tersebut mengumpulkan pasukan perunding dalaman yang telah dilatih sama ada sebagai juruaudit dalaman ISO atau penilai utama. Ia terdiri daripada perunding dalaman utama yang akan melapor kepada Naib Canselor, 6 perunding dalaman kanan dan 1 perunding dalaman untuk setiap 12 kampus negeri. Pasukan yang terdiri daripada staf akademik dan pentadbiran dikerahkan untuk membantu kampus negeri dalam proses pensijilan ISO 9001 mereka. Rencana tindakan yang di atur dengan baik dimulakan pada bulan Februari 2005 dengan tajuk “Program Penyeragaman Sistem Pengurusan Kualiti UiTM ke Kampus Cawangan Ke Arah Pensijilan ISO 9001”.  Perkara ini mendapat sambutan di semua kampus cawangan apabila memperolehi sijil ISO 9001: 2000 pada 31 Disember 2005, seperti yang dirancang.

Hasil daripada peranan penting InKA dalam mewujudkan sistem pengurusan kualiti sebagai asas mempertingkatkan sistem dan proses, InKA dinamakan semula sebagai Institut Kualiti dan Pengembangan Ilmu (InQKA). Manakala pada tahun 2005 juga, The Malaysian Journal of Quality, Vol 1 diterbitkan oleh InKA.

Peristiwa utama InKA pada tahun 2005 termasuklah:

• Persijilan ISO 9001:2000 untuk semua kampus cawangan
• Seminar Kebangsaan Perlaksanaan Piawaian ISO 9001:2000 di Institusi Pengajian Tinggi Awam: Suatu Perkongsian Pengalaman
• Program Pemetaan Strategi Imbangan Kuantiti-Kualiti 2005

Pada tahun 2006 menyaksikan perubahan dalam kepimpinan dan struktur InQKA. Dato’ Prof. Dr. Mustaffa Mohammed Zain telah dilantik sebagai Penolong Naib Canselor InQKA pada tahun 2006. Pusat Pengajian ASEAN dan Pusat Sejarah Intelektual dan Pemikiran Melayu (Centis), yang awalnya berada di bawah InKA, terletak di bawah Pusat Perancangan Strategik. InQKA telah disusun semula yang mana terdiri kepada dua unit yang bekerja secara sinergi, iaitu Unit Pengembangan Ilmu dan Unit Pengurusan Kualiti, masing-masing diketuai oleh seorang Pengarah. Unit Pengurusan Pengetahuan memetakan rancangan tindakan untuk memahami corak pemikiran staf UiTM dan tindakan untuk mengubah corak pemikiran ini untuk menaikkan nama UiTM di mata dunia dengan memanfaatkan potensi setiap individu. Unit Pengurusan Kualiti meneruskan tanggungjawab untuk melatih kakitangan UiTM untuk terus memahami, mengurus dan meningkatkan sistem pengurusan kualiti yang telah dibentuk serta memanfaatkan maklumat yang diperoleh untuk terus mencapai kecemerlangan.

Beberapa peristiwa yang diadakan pada tahun 2006 adalah:

• InQKA ‘s meeting with UiTM Top Management/Program Mencorak Minda Ke Arah Universiti Bertaraf Dunia
• Understanding Mindsets Programme
• Convention on Contemporary Women in Business
• PTAR, InED, Pejabat Bendahari and the Faculty of Medicine obtained their ISO 9001:2000 certifications

Peningkatan berterusan menjadi bukti di seluruh UiTM kerana Unit Kualiti di semua fakulti, kampus negeri dan jabatan memahami dan menghargai kitaran PDCA yang ditubuhkan melalui sistem pengurusan kualiti ISO 9001. Hasilnya, persaingan menjadi semakin sukar untuk dinilai. Pada tahun 2007, InQKA mengemukakan permohonan UiTM untuk menyertai Prime Minister’s Quality Award tetapi tidak berjaya. Pengalaman tersebut digunakan untuk terus bersaing dan menyertai anugerah yang sama pada tahun 2008 yang mana terbukti berjaya.

Pada tahun 2008, sesi pengetahuan dan perkongsian amalan terbaik diadakan untuk mengetengahkan proses inovasi dan amalan terbaik di UiTM sebagai kaedah untuk melembagakan peningkatan di seluruh UiTM. Pada masa ini, Profesor Madya Dr Shireen Haron menerajui InQKA, yang menjawat jawatan pada tahun 2007.

Pada tahun 2009, Unit Pengurusan Kualiti telah berusaha sepenuhnya untuk penghijrahan pensijilan ISO 9001: 2000 ke versi 2008. Pada masa ini, InQKA telah melatih lebih daripada 1500 kakitangan UiTM melalui kursus Audit Dalaman ISO 9001 selama 4 hari. Untuk memenuhi permintaan kursus ini, InQKA menghantar lagi 20 staf UiTM untuk latihan Penilai Utama ISO 9001 yang kemudian dikerahkan untuk membantu InQKA menjalankan latihan yang berkaitan dengan kualiti dan juga audit.

Peristiwa yang berlangsung dari tahun 2007 ke 2009

• The Student and Alumni Affairs Department and INTEC obtained their ISO 9001:2000 certifications (2007)
• Konvensyen Amalan Pengurusan Terbaik 2008 “Isu dan Perspektif antara Pemahaman dan Pembudayaan” (2008)
• UiTM emerged as the winner of the Prime Minister’s Quality Award 2008
• Wacana Artikel 153: Kedudukan Istimewa Orang Melayu (2008)
• Seminar Kepimpinan Melayu (2008)
• Knowledge Advancement Seminar in Learning: A Global Perspective (2008)
• Konvensyen Amalan Pengurusan Terbaik 2009 “Mesra dan Professional”
• Programme “Infusing Quality Culture to Enrich Organizations” (2009)
• MOU with Perdana Leadership Foundation extended for another 10 Perdana Discourse Series (2009)